Prodi S1 Farmasi FIKES UAA menggunakan dua sistem pembelajaran yang dikolaborasikan, yaitu Teacher Centered Learning (TCL) dan Student Centered Learning (SCL). TCL merupakan metode pembelajaran yang mana dosen menjadi pusat pemberi informasi utama, sedangkan SCL berfokus pada peningkatan dan pengembangan kemampuan kritis peserta didik. 

Metode pembelajaran yang digunakan antara lain:

1. Contextual learning

Pembelajaran kontekstual merupakan konsep belajar yang membantu dosen mengaitkan antara materi yang diajarkan dengan kenyataan dan mendorong mahasiswa menghubungkan antara pengetahuan yang dimilikinya dengan penerapan dalam kehidupan mereka. Mahasiswa dituntut untuk terlibat aktif dalam proses pembelajaran. Metode pembelajaran ini diterapkan pada bentuk pembelajaran teori di kelas.

2. Problem based learning

Problem based learning merupakan metode yang menuntut mahasiswa memahami suatu konsep pembelajaran hingga pengambilan keputusan untuk penyelesaian suatu kasus. Dalam penerapannya, mahasiswa akan diberi kasus yang berkaitan dengan permasalahan di bidang kefarmasian, sehingga mahasiswa dapat mengembangkan keterampilan berpikir dan keterampilan dalam menyelesaikan suatu permasalahan.

3. Role play

Role play merupakan metode pembelajaran untuk menghadirkan peran-peran yang ada pada dunia nyata ke dalam suatu skenario situasi yang telah dirancang oleh dosen sesuai dengan tujuan pembelajaran. Pada metode ini mahasiswa akan mendapatkan pengalaman dari perannya sebagai seorang farmasis, sehingga mahasiswa mengetahui peran dan tanggung jawab atas profesi tersebut.

4. Discovery learning

Discovery learning merupakan metode pembelajaran untuk menemukan konsep melalui pengamatan atau percobaan. Melalui metode ini mahasiswa diperkenankan menemukan sendiri informasi terkait materi pembelajaran. Penerapan discovery learning pada proses pembelajaran dapat dilakukan saat mahasiswa menelusuri literatur ilmiah untuk memperoleh informasi terkait materi pembelajaran.

5. Simulation

Metode pembelajaran ini berfokus pada penghayatan dan keterampilan praktik dalam situasi yang dibuat seperti kondisi sebenarnya sesuai dengan tujuan belajar. Metode simulasi biasa diterapkan pada pembelajaran praktikum, sehingga mahasiswa mendapatkan gambaran terkait praktik sesuai dengan capaian pembelajaran yang diharapkan.

6. Small group discussion

Small group discussion melibatkan dua atau lebih mahasiswa dengan tingkat kecakapan yang bervariasi untuk bekerja sama mencapai tujuan pembelajaran. Melalui metode ini mahasiswa dapat meningkatkan soft skill dengan aktif berinteraksi satu sama lain dan saling bertukar informasi serta pengetahuan. Metode ini diterapkan dalam proses pembelajaran teori, praktik laboratorium, dan praktik lapangan.