Fakultas Ilmu-Ilmu Kesehatan (FIKES) merupakan fakultas yang kelahirannya tidak terlepas dari lahirnya Universitas Alma Ata (UAA). Sebelum berubah bentuk menjadi Universitas, FIKES UAA merupakan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Alma Ata yang berdiri sejak tahun 2006. Pada saat awal berdiri, STIKES Alma Ata memiliki 2 program studi, yaitu DIII Kebidanan dan S1 Keperawatan. Selanjutnya pada tahun 2009 lahir Program Studi Ners, dan pada tahun 2012, terdapat penambahan 1 prodi baru yaitu Program Studi S1 Gizi di STIKES Alma Ata. Pada tanggal 21 Desember 2015, bersamaan dengan perubahan bentuk menjadi Universitas, prodi-prodi yang sebelumnya ada di bawah STIKES Alma Ata beralih menjadi di bawah naungan FIKES UAA. Saat ini, FIKES UAA telah memiliki 9 program studi, yaitu S2 Kesehatan Masyarakat, S1 Gizi, S1 Keperawatan, S1 Kebidanan, S1 Farmasi, S1 Administrasi Rumah Sakit, Profesi Ners, Profesi Kebidanan, dan DIII Kebidanan.
